Fluorescencijos mikroskopas ir paprastas mikroskopas turi šiuos skirtumus
1. Apšvietimo metodas paprastai yra epi-apšvietimas, ty šviesos šaltinis projektuojamas mėginyje per objektyvą;
2. Šviesos šaltinis yra ultravioletinė šviesa, bangos ilgis yra trumpesnis, o skiriamoji geba yra didesnė nei įprastų mikroskopų;
3. Yra du specialūs filtrai. Vienas priešais šviesos šaltinį naudojamas matomai šviesai filtruoti, o tarp okuliaro ir objektyvo naudojamas ultravioletiniams spinduliams filtruoti, kad apsaugotų žmogaus akis.