Patogenas yra kolektyvinis mikroorganizmų ir parazitų, kurie gali sukelti ligas, terminas. Mikroorganizmai sudaro didžiąją daugumą, įskaitant virusus, chlamidijas, rickettsia, mikoplazmą, bakterijas, spirochetus ir grybus; parazitai daugiausia apima pirmuonis ir kirminus. Patogenai yra parazitiniai organizmai, o natūralūs parazituoti šeimininkai yra gyvūnai, augalai ir žmonės. Yra daugiau nei 400 rūšių mikroorganizmų, kurie gali užkrėsti žmones, ir jie plačiai yra žmogaus burnoje, nosyje, ryklėje, virškinamojo trakto, urogenitalinio trakto ir odos.
Kiekvienas gali būti užkrėstas daugiau nei 150 rūšių patogenų savo gyvenime. Esant normaliai žmogaus imuninei funkcijai, jie nesukels ligų, o kai kurie netgi naudingi žmogaus organizmui. Pavyzdžiui, žarnyno flora (E. coli ir tt) gali sintezuoti kelis vitaminus. Šių floros egzistavimas taip pat gali slopinti kai kurių patogeniškesnių bakterijų dauginimąsi, todėl šie mikroorganizmai vadinami normalia mikrobiota (normalia flora). Bet kai sumažėja organizmo imunitetas, pusiausvyra tarp žmonių ir mikroorganizmų yra Sunaikinta normali flora taip pat gali sukelti ligas, todėl jie taip pat vadinami sąlygiškais patogenais (sąlygiškais patogenais). Nesvarbu, ar organizmą užpuolė patogenas, ar ne, viena vertus, yra susijęs su jo paties imunitetu, kita vertus, tai taip pat priklauso nuo patogeno patogeniškumo ir invazijų skaičiaus. Paprastai kuo didesnis skaičius, tuo didesnė ligos galimybė. Visų pirma patogenams, kurių patogeniškumas yra silpnesnis, reikia didesnio kiekio, kad sukeltų ligą. Keletas mikroorganizmų yra gana patogeniški ir gali sukelti ligas su lengvomis infekcijomis, tokiomis kaip maras, raupai ir pasiutligė.